Daniel Soeria-Atmadja

Bioinformatiker som jobbar med allergier

Bor i: Stockholm och pendlar till Uppsala. Född och uppvuxen i Sollentuna med en far från Indonesien. Har bott i Uppsala i nästan åtta år.

Har läst: Civilingenjörsprogrammet Molekylär bioteknik med inriktning mot bioinformatik.

Jobbar som: Bioinformatiker på Livsmedelsverket.

Fritidsintressen: Spelar lite innebandy och fotboll på (låg) motionsnivå på fritiden, tycker om att resa och ska till Sydafrika i November (bröllopsresa), kombinerar gärna fotbollsintresse med resintresse och var i Portugal 2004 (EM) och Tyskland förra året (VM). Är nybliven morbror till världens sötaste Elsa.

Daniel är bioinformatiker och jobbar på Livsmedelsverket med att utveckla riskvärderingsmetoder för identifiera proteiner som skulle kunna orsaka allergier.
Daniel specalicerade sig på bioinformatik redan innan Civilingenjörsprogrammet Bioinformatik hade skapats. Han valde bioinformatikkurser och datakurser och fick en utbildning som i till stora delar motsvarar dagens Bioinformatikprogram. Han tog sin examen 2003 och har jobbat på livsmedelverket sedan dess. Hans jobbsituation är ganska unik med en fot i en myndighet, en i akademin och en tredje i industrin.

Vad är bioinformatik egentligen?
Det finns många olika definitioner. Generellt gäller det att förbättra och snabba upp den biologiska/medicinska forskningen genom att använda datorbaserad metodik. Ett exempel är den klassiska bioinformatiken där man arbetar mycket med sekvensanalys av makromolekyler för att skapa fylogenetiska träd ˆ släktskapsträd för organismer, proteiner, gener mm. Stora delar av klassiska bioinformatiken är inte särskilt yrkesinriktad (i alla fall inte mot industrin). Bioinformatik inkluderar även studier som syftar till att identifiera, strukturera och visualisera mönster i stora mängder biologiska/medicinska data, som sedan kan användas för att ställa bättre diagnoser eller identifiera lämpliga läkemedelskandidater. Med en relativt bred definition ingår även LIMS-system, de laborativa informationssystem som underlättar arbetet och säkerställer kvaliteten på produkter etc.

Vad arbetar du med lite mer specifikt?
Jag bygger riskvärderingsmetoder för att identifiera vilka risker som finns att olika proteiner framkallar allergi. Om man tänker sig en ny genmodifierad gröda så skulle den teoretiskt kunna innehålla protein som t. ex framkallar allergi. Vi utvecklar system som ska känna igen allergiframkallande proteiner eller delar av proteiner.

Och industrin?
Jag har märkt att bioinformatiken äntligen börjar få genomslag inom industrin. Till exempel är jag nu involverad i ett samarbetsprojekt med allergidiagnostikföretaget Phadia som delfinansieras av Vinnova. Projektet syftar blad annat till hur man kan enbart mäta de specifika antikroppar som är medicinskt relevanta vid diagnostik av vissa livsmedelsallergier. Tillvägagångssättet involverar storskaliga experimentella analyser och att utveckla bioinformatiska vertyg som kan hitta det mönster man är ute efter i en stor mängd data.

Vilka egenskaper ska man ha för att bli framgångsrik som bioinformatiker/molekylär biotekniker inom industrin?
En bra handledare är jätteviktigt. Man behöver olika sorters personligheter i projekt så personligheten spelar inte så stor roll, men man ska kunna samarbeta och tala för sin sak (det lär man sig om man inte redan kan det). Och så ska man ha lite tur och få tag på ett bra projekt :-).

Elisabeth Långström